تشمل الهيكلة الإدارية للمفوضية خلايا لتنسيق العمل في مهام مخصوصة، برئاسة مكلف بمهمة أو مستشار، وتضم طاقما برتبة مدير مساعد يتراوح عدد أفراده من واحد إلى ثلاثة بملامح ومواصفات تحددها طبيعة المهام المعنية، وتشمل هيكلة المفوضية الخلايا التالية:
- الخلية المكلفة بالتنسيق مع المندوبيات الجهوية
- الخلية المكلفة ببرنامجي التموين وعملية رمضان
- الخلية المكلفة بالمخازن القروية للأمن الغذائي
- الخلية المكلفة بالعلاقات مع الشركاء الفنيين والماليين
- الخلية المكلفة بالمدخلات الزراعية وبرامج مساعدة الثروة الحيوانية
- الخلية المكلفة بالاتصال والنشر
- خلية الدعم الفني للآلية الوطنية للإنذار والتصدي للأزمات الغذائية
- خلية الصفقات والمشتريات